Pada 25 Mei 1898, Hershey berkahwin dengan Catherine Elizabeth "Kitty" Sweeney (lahir 1872), seorang Katolik Irish-Amerika dari Jamestown, New York.[5] Hershey dan isterinya tidak mempunyai anak.[6]

Pada 25 Mac 1915, Catherine meninggal dunia akibat suatu penyakit yang tidak diketahui.[5] Pada 1919, Hershey membawa jasad isterinya dari Philadelphia ke Perkuburan Hershey.[7] Pada Mac 1920, ibu Hershey, Fanny Hershey meninggal dan dikebumikan di Perkuburan Hershey. Pada lewat 1930, jasad bapanya dbawa ke sana.[7]

Kematian

Hershey meninggal dunia akibat pneumonia di Hospital Hershey pada 13 Oktober 1945 pada usia 88 tahun.Jasad beliau disemadikan di Perkuburan Hershey yang dibinanya, di Laudermilch Rd di Hershey, Pennsylvania.[8] Pusara Hershey terletak di Section Spec-Her, Lot 1, Kubur 1, bersebelahan pusara isterinya (Kubur 2).[7]